Trung tâm Y tế huyện Yên Sơn là đơn vị  sự nghiệp y tế công lập hạng III trực thuộc Sở Y tế tỉnh Tuyên Quang. Có chức năng nhiệm vụ phòng, chống dịch bệnh, khám bệnh, chữa bệnh, công tác Dân số - KHHGĐ và chăm sóc sức khỏe nhân dân trên địa bàn huyện. Qua 55 năm xây dựng và phát triển, Trung tâm Y tế huyện Yên Sơn đã từng bước được xây dựng, củng cố và phát triển. Cơ sở hạ tầng ngày càng được nâng cấp, trang thiết bị y tế ngày càng được trang bị hiện đại hơn, đội ngũ cán bộ ngày càng được đào tạo cơ bản, chuyên sâu, đồng bộ. Trung tâm Y tế huyện Yên Sơn đã thực hiện ngày càng tốt hơn nhiệm vụ phòng, chống dịch bệnh, công tác khám bệnh, chữa bệnh, Dân số- KHHGĐ và chăm sóc sức khỏe nhân dân. Hằng năm Trung tâm Y tế huyện Yên Sơn đã khám bệnh, chữa bệnh cho hàng trăm ngàn người bệnh ngoại trú, điều trị cho hàng trục ngàn bệnh nhân điều trị nội trú.

Theo dõi và thực hiện các chương trình mục tiêu, các dự án quốc gia gồm: Chương trình phòng, chống các bệnh không lây nhiễm (Đái tháo đường, Tăng huyết áp, ung thư). Chương trình phòng, chống các bệnh lây nhiễm gồm: Phòng chống Sốt xuất huyết, Phòng chống bệnh sốt rét, 28 bệnh truyền nhiễm theo quy định của Bộ Y tế. Chương trình Dân số kế hoạch hoá gia đình, Phòng chống HIV/AIDS, Chương trình Vệ sinh an toàn thực phẩm. Dự án Tiêm chủng mở rộng, Chiến lược quốc gia dinh dưỡng, phòng, chống rối loạn do thiếu hụt Iot. Mở rộng và phát triển các chương trình cấp bộ như: Vệ sinh môi trường, dự án Wash- sup về cung cấp thiết bị vệ sinh. Vệ sinh lao động - Bệnh nghề nghiệp,Y tế trường học.